Vollmitglieder des AKOTh können Theologinnen und Theologen werden, die einer orthodoxen Diözese angehören und eine staatlich anerkannte Promotion in Theologie oder einem benachbarten Fach haben. Bei Neuaufnahmen muss der Nachweis einer wissenschaftlichen Leistung in den letzten fünf Jahren erbracht werden. Nachwuchskräfte vor der Promotion können ebenfalls Mitglieder des AKOTh werden.
Angehörige der orientalisch-orthodoxen Kirchen und der Assyrischen Kirche des Ostens, die die Kriterien für die Vollmitgliedschaft (die Kirchenzugehörigkeit ausgenommen) erfüllen, können Gastmitglieder werden.
Eine vollständige Übersicht der Mitgliedschaftskriterien ist Richtlinien des AKOTh zu entnehmen.