Die laufenden Geschäfte des AKOTh werden vom Koordinationskomitee geführt. Das Koordinationskomitee wird von der Mitgliederversammlung für den Zeitraum von zwei Jahren gewählt. Mitglieder des Koordinationskomitees für die Wahlperiode 2023-2025 sind folgende Personen:
- Dipl. Theol. Vladislav Atanassov
- Prof. Dr. Georgiana Huian
- Dr. Marina Kiroudi
- Dr. Nino Sakvarelidze
- Dr. Konstantinos Vliagkoftis
Die Mitgliederversammlung wählt darüber hinaus immer zwei weitere Personen, die ggf. nachrücken können. Vertretungsmitglieder des Koordinationskomitees für die Wahlperiode 2023-2025 sind folgende Personen:
- Dr. Pavle Anicic
- Prof. Dr. Daniel Benga
- Prof. Dr. Ioan Moga